एकीकृत नेपालका प्रथम राजा पृथ्वीनारायण शाहले विक्रम सम्वत् १८२६ मा नेपालभर रहेका सरकारी अड्डाहरुको आय-व्ययको हिसाब जाँच गर्न, गराउन 'कुमारीचोक' नामक एक शक्तिशाली (अधिकार सम्पन्न) कार्यालयको स्थापना गरेका थिए । उक्त अड्डा नेपालका महालेखापरीक्षकको प्रारम्भिक स्वरुप थियो । वि.सं. २०१५ सालमा महालेखापरीक्षकको कार्यालय स्थापना भएपछि सरकारी कार्यालयको लेखापरीक्षणको जिम्मेवारी यस कार्यालयलाई दिइयो। यद्यपि तेजारथ सापटी असूल गर्ने, बेरुजु तथा घरेलु तर्फको सरकारी बाँकी बापतको रकम असुल गर्ने, अन्य सरकारी बाँकी रकम असुल गर्ने लगायतका कार्य गर्ने गरी कुमारीचोक तथा केन्द्रीय तहसिल कार्यालयको नाममा उक्त कार्यालय अहिले पनि अस्तित्वमा रहेको छ ।
नेपालको पहिलो संविधान "नेपाल सरकार वैधानिक कानून, २००४" मा सरकारको आय व्ययको लेखापरीक्षण गर्न श्री ३ महाराजले एक मुख्य लेखापरीक्षक नियुक्त गर्न सक्ने प्रावधान रहे तापनि सो अनुसार लेखापरीक्षक नियुक्त भएको पाइँदैन । त्यस्तै, नेपालको अन्तरिम शासन विधान, २००७ को भाग ८, धारा ६१ मा नेपालमा एक नियन्त्रक तथा महालेखापरीक्षक रहने र निजलाई मन्त्रिपरिषद्को सिफारिशमा श्री ५ ले नियुक्त गर्ने व्यवस्था भएकोमा सो अनुसार नियन्त्रक तथा महालेखापरीक्षकको नियुक्ति नभएकोले उक्त व्यवस्था कार्यान्वयन भएन । लेखापरीक्षणको माध्यमबाट मुलुकमा वित्तीय अनुशासन एवम् जवाफदेहिता कायम गर्न तथा सरकारी आम्दानी, खर्च र कार्यहरुको नियमितता, मितव्ययिता, कार्यदक्षता, प्रभावकारिता र औचित्य समेतको आधारमा लेखापरीक्षण गर्न तत्कालीन नेपाल अधिराज्यको संविधान, २०१५ बमोजिम २०१६ साल आषाढ १५ गते नेपालका प्रथम महालेखापरीक्षकको नियुक्तिसँगै यस कार्यालयको स्थापना भएको हो । शुरुमा "महालेखापरीक्षकको विभाग" को नामबाट यस कार्यालयको स्थापना भएकोमा वि. सं. २०६३ मा यसको नाम परिवर्तन गरी "महालेखापरीक्षकको कार्यालय" राखियो ।
 विगतका विभिन्न संविधानमा महालेखापरीक्षक सम्बन्धमा भएका प्रमुख प्रावधान देहाय अनुसार छन् :-
१.  नेपाल अधिराज्यको संविधान, २०१५ — नेपाल अधिराज्यको संविधान, २०१५ को भाग ८ (हिसाब जाँच) अन्तर्गत धारा ६१ र ६२ मा पहिलो पटक महालेखापरीक्षक सम्बन्धी व्यवस्था भएको पाइन्छ ।
(क) उक्त संविधानको धारा ६१ मा श्री ५ बाट एक महालेखापरीक्षक नियुक्त हुने, महालेखापरीक्षकको पारिश्रमिक र सेवाका शर्त तथा पदावधि ऐनद्वारा नियमित हुने, निजको पारिश्रमिक संचित कोषमाथि  व्ययभार हुने, सर्वोच्च अदालतका न्यायाधीश सरह समान आधारमा र समान तरीकाले बाहेक महालेखापरीक्षकलाई निजको पदावधि खत्तम नहुँदै निजलाई सो पदबाट नहटाइने जस्ता प्रावधान रहेका थिए ।
(ख)धारा ६२ (हिसाब जाँच र रिपोर्ट) अन्तर्गत मन्त्रिमण्डल, महासभाको सचिव, प्रतिनिधि सभाको सचिव, सर्वोच्च अदालत, लोक सेवा आयोग लगायत सबै सरकारी विभाग तथा अड्डा अदालतको स्याहा स्रेस्ता हिसाब श्री ५ को स्वीकृतिबाट बनेको ढाँचा र तरिकामा महालेखापरीक्षकले निर्धारण गरे अनुसार राखिने र महालेखापरीक्षकबाट जाँचिने, महालेखापरीक्षक र निजका सहायकहरूलाई यस्तो हरहिसाब सम्बन्धी सबै कागजपत्र जुनसुकै बखत हेर्न पाउने अधिकार हुने, महालेखापरीक्षकले ऐन बमोजिम हिसाबसँग सम्बन्धित यस्तै अरू काम गर्ने र यस्तोमा चाहिने अधिकार समेत प्रयोग गर्ने तथा आफूले गरेको कामको वार्षिक रिपोर्ट महालेखापरीक्षकले श्री ५ मा चढाउने र श्री ५ बाट यस्ता रिपोर्टहरू संसद समक्ष राख्न लगाइने लगायतका प्रावधान रहेका थिए ।
 
२.  नेपालको संविधान, २०१९ — नेपालको संविधान, २०१९ मा महालेखापरीक्षक सम्बन्धी व्यवस्था गरी यस संविधानमा २०३७ सालमा भएको तेस्रो संशोधनले महालेखापरीक्षकको कार्यालयको लागि विशेष जिम्मेवारी दिएको पाइन्छ । संविधानमा भएको तेस्रो संशोधनबाट महालेखापरीक्षकलाई पहिलो पटक सबै सरकारी कार्यालय, तथा संगठित संस्थाको लेखा तथा स्रेस्ता नियमितता, मितव्ययिता, कार्यदक्षता, प्रभावकारिता र औचित्य समेत विचार गरी लेखापरीक्षण गर्न सक्ने अधिकार प्रदान गरेको थियो । 
(क) संविधानको धारा ७५ मा श्री ५ बाट राजसभासँगको परामर्शमा महालेखापरीक्षक नियुक्त हुने, महालेखापरीक्षक नियुक्त भएको मितिले ६ वर्षसम्म आफ्नो पदमा बहाल रहने, महालेखापरीक्षकको पारिश्रमिक र सेवाका शर्त ऐनद्वारा नियमित हुने, सर्वोच्च अदालतको न्यायाधीश सरह समान आधारमा र समान तरीकाले निजलाई सो पदबाट हटाउन सकिने, महालेखापरीक्षक भइसकेको व्यक्ति अन्य सरकारी सेवामा नियुक्त हुनको निमित्त ग्राह्य नहुने जस्ता प्रावधान रहेका थिए ।
(ख)      संविधानको धारा ७६ (महालेखा परीक्षकको काम र अधिकार) अन्तर्गत सर्वोच्च अदालत, राष्ट्रिय पञ्चायत, राजसभा तथा अन्य संवैधानिक अङ्गका कार्यालय र सबै सरकारी कार्यालय, अदालत एवं श्री ५ को सरकारको स्वामित्व भएको संगठित संस्थाको लेखा कानूनद्वारा निर्धारित तरीका बमोजिम महालेखापरीक्षकबाट नियमितता, मितव्ययिता, कार्यदक्षता, प्रभावकारिता र औचित्य समेत विचार गरी लेखापरीक्षण हुने, महालेखापरीक्षक र निजका सहायकहरुलाई त्यस्तो लेखासम्बन्धी सबै कागजपत्र जुनसुकै बखत हेर्न पाउने अधिकार हुने, महालेखापरीक्षकले लेखापरीक्षण गर्ने लेखा तोकिएको ढाँचामा राखिने, महालेखापरीक्षकले गर्ने लेखासँग सम्बन्धित अरु काम कानूनद्वारा निर्धारित भए बमोजिम हुने र निजले सम्बन्धित कानूनद्वारा प्राप्त अधिकार प्रयोग गर्न सक्ने, आफूले गरेको कामको वार्षिक प्रतिवेदन महालेखापरीक्षकले श्री ५ मा चढाउने छन् र त्यस्तो प्रतिवेदन राष्ट्रिय पञ्चायत समक्ष राख्न लगाइने लगायतका प्रावधान रहेका थिए ।
 
३.  नेपाल अधिराज्यको संविधान, २०४७ — नेपालमा पहिलो जन-आन्दोलनको सफलता पश्चात् निर्मित नेपाल अधिराज्यको संविधान, २०४७ को भाग १३ अन्तर्गत धारा ९९ र १०० मा महालेखापरीक्षक सम्बन्धी व्यवस्था थियो । यस संविधानमा पनि लेखापरीक्षण सम्बन्धमा महालेखापरीक्षकलाई वि. सं. २०३७ सालमा प्राप्त नियमितता, मितव्ययिता, कार्यदक्षता, प्रभावकारिता र औचित्य सम्बन्धी अधिकारलाई कायमै राखिएको थियो भने महालेखापरीक्षकको योग्यता, महालेखापरीक्षकले तोकेको ढाँचामा लेखा राखिने, यस संविधानमा उल्लेख भएका कार्यालयहरूको अतिरिक्त अन्य कुनै कार्यालय वा संस्थाको लेखापरीक्षण महालेखा परीक्षकले गर्नु पर्ने गरी कानूनद्वारा व्यवस्था गर्न सकिने जस्ता केही नयाँ प्रावधान थपिएका थिए। यस संविधानमा रहेका प्रमुख प्रावधान निम्नानुसार छन्:
 
(क)        संविधानको धारा ९९ मा नेपाल अधिराज्यको एक महालेखापरीक्षक रहने र निजलाई श्री ५ बाट संवैधानिक परिषद्को सिफरिसमा नियुक्त गरिने, निजको पदावधि ६ वर्षको हुने र पुनर्नियुक्ति हुन सक्ने तर निजको उमेर ६५ वर्ष पूरा भएमा आफ्नो पदमा बहाल नरहने, निजलाई सर्वोच्च अदालतको न्यायाधीश सरह समान आधारमा र समान तरिकाले सो पदबाट हटाउन सकिने, महालेखापरीक्षकको पदमा नियुक्त हुन मान्यता प्राप्त विश्वविद्यालयबाट स्नातकोपाधि प्राप्त गरेको, श्री ५ को सरकारको विशिष्ट श्रेणीमा कम्तीमा पाँच वर्ष काम गरेको वा लेखा सम्बन्धी काममा कम्तीमा पन्ध्र वर्ष अनुभव प्राप्त भएको, नियुक्त हुनुभन्दा तत्काल अगाडि कुनै राजनैतिक दलको सदस्य नरहेको तथा ४५ वर्ष उमेर पूरा भएको हुनुपर्ने जस्ता प्रावधान रहेका थिए ।
 
(ख)        महालेखापरीक्षकको काम, कर्तव्य र अधिकार धारा १०० अन्तर्गत अदालत, सबै संवैधानिक अङ्ग र सरकारी कार्यालयहरु, सुरक्षा निकाय लगायतको लेखा कानूनद्वारा निर्धारित तरिका बमोजिम नियमितता, मितव्ययिता, कार्यदक्षता, प्रभावकारिता र औचित्य समेतको विचार गरी महालेखापरीक्षकबाट लेखापरीक्षण हुने, ५० प्रतिशतभन्दा बढी शेयर वा जायजेथामा श्री ५ को सरकारको स्वामित्व भएको संगठित संस्थाको लेखापरीक्षणको लागि लेखापरीक्षक नियुक्त गर्दा महालेखापरीक्षकसँग परामर्श गरिने, त्यस्तो संगठित संस्थाको लेखापरीक्षण गर्दा अपनाउनु पर्ने सिद्धान्तको सम्बन्धमा महालेखापरीक्षकले आवश्यक निर्देशन दिन सक्ने, महालेखापरीक्षक र निजका सहायकहरूले लेखासम्बन्धी कागजपत्र जुनसुकै बखत हेर्न पाउने र माग गरिएका जुनसुकै कागजपत्र तथा जानकारी उपलब्ध गराउनु सम्बन्धित कार्यालयको कर्तव्य हुने, परीक्षण गरिने निकायहरुको लेखा महालेखापरीक्षकद्वारा तोकिएको ढाँचामा राखिने, अन्य कुनै कार्यालय वा संस्थाको लेखा महालेखापरीक्षकले परीक्षण गर्नु पर्ने गरी कानूनद्वारा व्यवस्था गर्न सकिने, महालेखापरीक्षकले आफूले गरेको कामको वार्षिक प्रतिवेदन श्री ५ समक्ष पेश गर्ने र त्यस्तो प्रतिवेदन संसदमा पेश हुने जस्ता व्यवस्था रहेका थिए ।
 
४.  नेपालको अन्तरिम संविधान, २०६३ — नेपालमा दोस्रो जन-आन्दोलनको सफलता पश्चात् निर्मित नेपालको अन्तरिम संविधान, २०६३ को भाग १२ अन्तर्गत धारा १२२ देखि १२४ सम्म महालेखापरीक्षक सम्बन्धी व्यवस्था भएको पाइन्छ । यस संविधानमा अधिकांश विषय अघिल्लो संविधानको जस्तै रहे तापनि महालेखापरीक्षकको नियुक्ति सम्बन्धी प्रावधान, महालेखापरीक्षकको वार्षिक प्रतिवेदनमा समावेश गर्नुपर्ने विषय जस्ता केही नयाँ प्रावधान थपिएका थिए। यस संविधानमा रहेका प्रमुख प्रावधान निम्नानुसार छन्:
 
(क)       अन्तरिम संविधान, २०६३ को धारा १२२ मा महालेखापरीक्षकको नियुक्ति संवैधानिक परिषद्को सिफारिसमा राष्ट्रपतिबाट हुने, निजको पदावधि नियुक्तिको मितिले ६ वर्षको हुने, निजले राष्ट्रपति समक्ष लिखित राजीनामा दिएमा वा पदावधि पूरा भएमा वा निज आफ्नो पदमा नरहेमा वा निजको मृत्यु भएमा पद रिक्त हुने, महालेखापरीक्षकको पदमा नियुक्तिको लागि मान्यता प्राप्त विश्वविद्यालयबाट व्यवस्थापन, वाणिज्यशास्त्र वा लेखामा स्नातकोपाधि प्राप्त गरी वा चार्टर्ड एकाउन्टेन्सी परीक्षा उत्तीर्ण गरी नेपाल सरकारको विशिष्ट श्रेणीमा काम गरेको वा लेखापरीक्षण सम्बन्धी काममा कम्तीमा बीस वर्ष अनुभव प्राप्त गरेको, कुनै राजनैतिक दलको सदस्य नरहेको, ४५ वर्ष उमेर पूरा भएको, उच्च नैतिक चरित्र कायम भएको जस्ता योग्यता आवश्यक पर्ने लगायतका प्रावधान समेटिएका थिए ।
 
(ख)       धारा १२३ (महालेखापरीक्षकको काम, कर्तव्य र अधिकार) अन्तर्गत सबै प्रकारका अदालत, सबै संवैधानिक अङ्ग र सरकारी कार्यालयहरु, सुरक्षा निकाय लगायतको लेखा कानूनद्वारा निर्धारित तरिका बमोजिम नियमितता, मितव्ययिता, कार्यदक्षता, प्रभावकारिता र औचित्य समेतको विचार गरी महालेखापरीक्षकबाट लेखापरीक्षण हुने, ५० प्रतिशतभन्दा बढी शेयर वा जायजेथामा नेपाल सरकारको स्वामित्व भएको संगठित संस्थाको लेखापरीक्षणको लागि लेखापरीक्षक नियुक्त गर्दा महालेखापरीक्षकसँग परामर्श गरिने, त्यस्तो संगठित संस्थाको लेखा परीक्षण सम्बन्धमा महालेखापरीक्षकले आवश्यक निर्देशन दिन सक्ने, महालेखापरीक्षक र निजका सहायकहरूले लेखासम्बन्धी कागजपत्र जुनसुकै बखत हेर्न पाउने, परीक्षण गरिने निकायहरुको लेखा महालेखापरीक्षकद्वारा तोकिएको ढाँचामा राखिने, यस संविधानमा उल्लेख भएका कार्यालयहरूको अतिरिक्त अन्य कुनै कार्यालय वा संस्थाको लेखा महालेखापरीक्षकले परीक्षण गर्नु पर्ने गरी कानूनद्वारा व्यवस्था गर्न सकिने जस्ता व्यवस्था रहेका थिए ।
 
(ग)       धारा १२४ (वार्षिक प्रतिवेदन) अन्तर्गत महालेखापरीक्षकले आफूले गरेको कामको वार्षिक प्रतिवेदन राष्ट्रपति समक्ष पेश गर्नुपर्ने र प्रधानमन्त्री मार्फत् त्यस्तो प्रतिवेदन व्यवस्थापिका–संसद समक्ष पेश हुने, महालेखापरीक्षकले पेश गर्ने प्रतिवेदनमा अन्य कुराका अतिरिक्त महालेखापरीक्षकबाट वर्षभरिमा लेखापरीक्षण भएका निकायको विवरण, लेखापरीक्षणबाट देखिएका बेरुजुको स्थिति, बेरुजु फछ्र्यौट गर्न गरेको प्रयास र बेरुजु फछ्र्यौटका सम्बन्धमा प्राप्त उपलब्धि तथा लेखापरीक्षण सम्बन्धमा भविष्यमा गर्नु पर्ने सुधारको विवरण उल्लेख गर्नु पर्ने व्यवस्था गरिएको थियो ।
५.  नेपालको संविधान, २०७२ — नेपालमा २०६२/६३ को दोस्रो जन आन्दोलनको सफलतापछि गठन भएको ऐतिहासिक संविधान सभाबाट निर्मित नेपालको संविधानको भाग २२ अन्तर्गत धारा २४० र २४१ तथा भाग ३२ अन्तर्गतको धारा २९४ महालेखापरीक्षकसँग सम्बन्धित छन् । यस संविधानमा महालेखापरीक्षकको नियुक्ति तथा योग्यता सम्बन्धी प्रावधान अघिल्लो संविधानको जस्तै रहे तापनि महालेखापरीक्षकको कार्यक्षेत्र तथा प्रतिवेदन सम्बन्धमा केही नयाँ प्रावधान थपिएका छन्। यस संविधान बमोजिम स्थानीय तहसम्मको लेखापरीक्षण महालेखापरीक्षकबाट हुने व्यवस्था भई यस कार्यालयको कार्यक्षेत्र तथा जिम्मेवारीमा व्यापकता आएको छ । यस संविधानमा रहेका प्रमुख प्रावधान निम्नानुसार छन्:
 
(क) नियुक्ति तथा योग्यता — नेपालको संविधान, २०७२ को धारा २४० मा महालेखापरीक्षकको नियुक्ति संवैधानिक परिषद्को सिफारिसमा राष्ट्रपतिबाट हुने, निजको पदावधि नियुक्तिको मितिले ६ वर्षको हुने, निजले राष्ट्रपति समक्ष लिखित राजीनामा दिएमा वा पदावधि पूरा भएमा वा निज आफ्नो पदमा नरहेमा वा निजको मृत्यु भएमा पद रिक्त हुने, महालेखापरीक्षकको पदमा नियुक्तिको लागि मान्यता प्राप्त विश्वविद्यालयबाट व्यवस्थापन, वाणिज्यशास्त्र वा लेखामा स्नातकोपाधि प्राप्त गरी वा चार्टर्ड एकाउन्टेन्सी परीक्षा उत्तीर्ण गरी नेपाल सरकारको विशिष्ट श्रेणीमा काम गरेको वा लेखापरीक्षण सम्बन्धी काममा कम्तीमा बीस वर्ष अनुभव प्राप्त गरेको, कुनै राजनैतिक दलको सदस्य नरहेको, ४५ वर्ष उमेर पूरा भएको, उच्च नैतिक चरित्र कायम भएको जस्ता योग्यता आवश्यक पर्ने जस्ता प्रावधान समेटिएका छन् ।
(ख) काम, कर्तव्य र अधिकार — संविधानको धारा २४१ बमोजिम महालेखापरीक्षकको काम, कर्तव्य र अधिकार देहाय अनुसार छन्:-
o   राष्ट्रपति र उपराष्ट्रपतिको कार्यालय, सर्वोच्च अदालत, संघीय संसद, प्रदेश सभा, प्रदेश सरकार, स्थानीय तह, संवैधानिक निकाय वा सोको कार्यालय, अदालत, महान्यायाधिवक्ताको कार्यालय, र सुरक्षा निकाय लगायतका सबै संघीय र प्रदेश सरकारी कार्यालयको लेखा कानून बमोजिम नियमितता, मितव्ययिता, कार्यदक्षता, प्रभावकारिता र औचित्य समेतको आधारमा लेखापरीक्षण गर्ने ।
o   ५० प्रतिशतभन्दा बढी शेयर वा जायजेथामा नेपाल सरकार वा प्रदेश सरकारको स्वामित्व भएको संगठित संस्थाको लेखापरीक्षणका लागि लेखापरीक्षक नियुक्तिका लागि परामर्श र अपनाउनु पर्ने सिद्धान्तका सम्बन्धमा आवश्यक निर्देशन दिने ।
o   महालेखापरीक्षकलाई लेखापरीक्षणको सिलसिलामा लेखासँग सम्बन्धित कागजपत्रहरु जुनसुकै बखत हेर्न पाउने अधिकार हुने र त्यस्तो कागजपत्र तथा जानकारी उपलब्ध गराउनु सम्बन्धित कार्यालय प्रमुखको कर्तव्य हुने ।
o   तोकिएका कार्यालयका अतिरिक्त अन्य कुनै कार्यालय वा संस्थाको महालेखापरीक्षकबाट लेखापरीक्षण गर्नुपर्ने गरी संघीय कानून बमोजिम व्यवस्था गर्न सकिने ।
o   लेखापरीक्षण गरिने निकायको लेखा संघीय कानून बमोजिम महालेखापरीक्षकले तोकेको ढाँचामा राखिने ।
(ग) वार्षिक प्रतिवेदन सम्बन्धी व्यवस्था — संविधानको धारा २९४ (संवैधानिक निकायको वार्षिक प्रतिवेदन) मा महालेखापरीक्षक लगायतका संवैधानिक निकायले आफूले गरेको कामको वार्षिक प्रतिवेदन राष्ट्रपति समक्ष पेश गर्नुपर्ने र प्रधानमन्त्री मार्फत् त्यस्तो प्रतिवेदन संघीय संसद समक्ष पेश हुने व्यवस्था छ । उक्त धाराको उपधारा २ मा वार्षिक प्रतिवेदनमा खुलाउनुपर्ने कुराहरु संघीय कानून बमोजिम हुने उल्लेख भए अनुसार लेखापरीक्षण ऐन, २०७५ को दफा १९ मा महालेखापरीक्षकबाट वर्षभरिमा लेखापरीक्षण भए, गरेका काम कारबाहीको विवरण, लेखापरीक्षणबाट देखिएका प्रमुख व्यहोराको सारांश, लेखापरीक्षण प्रतिवेदन कार्यान्वयनको स्थिति र भविष्यमा गर्नुपर्ने सुधार तथा आवश्यक अन्य कुराहरु समावेश गर्नुपर्ने व्यवस्था गरिएको छ । साथै तोकिएका निकायको लेखापरीक्षण सम्पन्न गरिसकेपछि राय सहितको लेखापरीक्षण प्रतिवेदन समेत जारी गर्न सक्ने व्यवस्था लेखापरीक्षण ऐनमा रहेको छ।
संविधानको धारा २९४ तथा लेखापरीक्षण ऐनको दफा १९ मा महालेखापरीक्षकले प्रत्येक प्रदेशको काम कारबाहीको सम्बन्धमा अलग अलग वार्षिक प्रतिवेदन तयार गरी सम्बन्धित प्रदेश प्रमुख समक्ष पेश गर्ने र उक्त प्रतिवेदन मुख्य मन्त्री मार्फत् प्रदेश सभामा पेश हुने व्यवस्था छ।